Спокійне гетьманування Богдана тривало недовго. Мало відпочивали на Січі й запорожці. Польський король Ян Казимир нічого не зробив із того, що пообіцяв Хмельницькому, й на початку літа року 1649-го вже збирав військо, щоб рушити на Україну гамувати козаччину. Довідавшись про ці заміри, й Богдан так само заходився скликати козаків, запросив і запорожців із Січі й домовився про допомогу свого спільника - кримського хана. Король не зміг зібрати багато війська, і Хмельницький оточив його половину в Збаражі, а другу, що була під проводом самого короля, у серпні 1649 року, з'єднавшись із татарами, вщент розбив біля міста Зборова. Козаки мало не взяли в бранці самого Яна Казимира, але гетьман зупинив їх, бо все-таки мав короля за свого державця. Він звелів козакам, що вже мали полонити його, припинити бій і залишити польський табір.
Та легкодухість Хмельницького дуже обурила запорожців… І, справді, не минуло й кількох днів, як Богданові довелося розкаюватись у своєму вчинкові, а через рік його примирливість мусила оплакувати гіркими сльозами вся Україна. Король тим часом підкупив хана золотом, і той змусив гетьмана погодитися з нікчемними умовами поляків: зректися визволених уже земель Галичини, Волині, Поділля й Білої Русі; пустити на Україну польських панів та ще й повернути їм усі їхні маєтки й змусити поспільство знову коритися панам і працювати на них.
Такого відступу запорожці не могли подарувати Хмельницькому, й після різких нарікань зовсім залишили його й пішли на Запорожжя. Розбрат був такий великий, що року 1650-го січова голота, або “чернь”, обрала, було, замість Богдана іншого гетьмана - козака Гудовського, та тільки ім'я Хмельницького, переможця над поляками, ще багато важило серед запорожців, і незабаром прихильники Богдана, взявши на Січі гору, схопили Гудовського й віддали гетьманові до рук.
Десь згодом, восени вже 1650 року, коли Хмельницький покликав запорожців іти з його сином Тимошем походом на Молдову за те, що господар молдавський Лупул не хотів віддати за нього заміж своєї дочки, січові козаки, хоч і не всім військом, а все-таки чималою кількістю, пристали до Тимоша, ходили у Волощину й допомогли Хмельниченкові взяти Ясси й примусили Лупула дати великий окуп. З початку війни молдавський господар сподівався на поміч з боку Польщі й кілька разів звертався за нею до коронного гетьмана Потоцького, та король не дозволив польському війську воювати з козаками.
Цей похід на Молдову український народ вважав верхом козацької слави й оспівав у своїй думі:
Після Зборівської згоди та молдавського походу Хмельницький більшість війська розпустив, бо за умовою з поляками козаків мало бути лише 40 000. Проте відразу ж після примирення виявилося, що ніякої згоди між українцями й поляками нема, бо шляхта, ввійшовши в Галичину й на Поділля, вчинила нелюдську розправу над повстанцями. Те саме вона хотіла зробити й на Брацлавщині (Побужжя), та полковники Війська Запорозького Нечай і Богун, які очолювали Винницький і Брацлавський полки козаків, одмовилися коритися Зборівській згоді, незважаючи навіть на гетьманські накази, й зі зброєю не пускали польських панів у їхні маєтки.
Через уперту оборону ними народних прав року 1651-го виникла нова війна. Поляки з чималим військом несподівано напали на Нечая, коли він необачно справляв масни-цю в місті Красному на Брацлавщині, і хоч як завзято козаки відбивалися, та все-таки поляки перемогли їх, і навіть сам полковник наклав там головою. Про цього оборонця волі простого люду збереглося багато кобзарських дум, з яких тут подано уривки:
Позбувшись Нечая, поляки негайно напали й на іншого свого ворога Богуна, який засів у Винниці. Тільки їм не пощастило. Козаки дали там добру відсіч і хитрощами потопили багато польського війська в Бузі. Почувши про напад шляхти на своїх полковників, Хмельницький знову почав скликати козаків і звернувся за підмогою до Війська Запорозького, та тільки запорожці неприхильне поставилися до нього за те, що він обстоював лише козаків, а простий же люд забував. Обміркувавши це на раді, Військо Запорозьке відмовило йому в допомозі. Тоді Богдан через турецького султана попросив допомоги в хана. Із султанського наказу татарська орда вирушила з Криму, але наступала мляво й неохоче. Коли ж у червні, зблизившись із поляками під Берестечком, хан побачив, що в короля велика сила - більш як на 30 000, то він розгнівався на Хмельницького, що той не застеріг його про кількість польського війська й, повернувши з ордою назад, почав тікати на південь: коли ж гетьман, наздогнавши хана, став умовляти його зупинитися й стати до бою, той розлютився, захопив Богдана в полон і повіз із собою.
Залишившись без гетьмана і спільників, козацьке військо, кількістю до 80 000, не могло стримати натиск поляків і після кількох днів змагань під керуванням Богуна відступило потайки вночі за річку Пляшеву й пішло на Україну, кинувши весь свій табір і багато неозброєного люду.
Без участі Війська Запорозького року 1651-го виникла й Білоцерківська згода гетьмана з поляками: року ж 1652-го, коли Хмельницький водив свого сина Тимоша в Молдову брати шлюб з дочкою господаря, запорожці з кошовим отаманом Лутаєм саме переносили Січ із Микитиного Рогу на устя Чортомлика. Чому стався цей перехід, невідомо, а тільки козаки обрали собі місце на березі Чор-томлицького лиману, проти острова, на якому перебувала Стара Січ за часів Жигмонта III, і весь 1652 рік працювали над будуванням тут куренів, церкви й окопів.
Тільки аж року 1652-го після того, як Хмельницький листом сповістив Кіш про нелюдські вчинки на Україні нового привідця польського війська Чарнецького, що випалював села й вирізував до ноги людей, і про те, що король наступає не лише з поляками, а ще й веде за собою спільників - угорців та волохів, - і погрожує геть викорінити український народ і козацтво, тоді запорожці вийшли всім військом і стали допомагати знову Хмельницькому.
Вигнавши з України Чарнецького, січовики разом із гетьманськими силами ходили на Поділля під Жванець проти поляків, що билися під проводом свого короля. Наприкінці року 1653-го Хмельницький із козаками опинився в дуже скрутному становищі, бо кримський хан знову, і вже назавжди, відсахнувся од спілки з Богданом. Причини для цього були прості: татари вже кілька віків жили торгівлею українськими невольниками; перебуваючи в спілці з Україною, Крим позбувся великих прибутків на людському ринку, бо ханові не годилося забирати в неволю своїх спільників.
Виходило, що єднання з Україною татарам не на користь - і от, порвавши ту спілку під Жванцем, вони, замість того, щоб воювати проти поляків, кинулися на Україну й почали хапати людей у неволю. Хмельницькому не лишалося нічого, як кинути Поділля й обороняти українські землі від татарського нападу. Запорожці в цій війні з татарами брали діяльну участь. Вони пригадали тут свою давню славу й завзято громили ворожі загони, відбиваючи й визволяючи ув'язнених земляків.