La rifampicina es bien tolerada a las dosis recomendadas. Las siguientes reacciones adversas pueden presentarse: prurito, eritema, erupción, anorexia, náuseas, vómitos, malestar abdominal, colitis pseudomembranosa, diarrea, hepatitis y trombocitopenia. Esta última puede presentarse con o sin púrpura y está asociada a un tratamiento intermitente, siendo reversible si la droga se suspende inmediatamente.
Se han presentado casos de hemorragia cerebral y muerte cuando la administración de la rifampicina se continuó o se reinició después de la aparición de la púrpura.