Искандер Махмудов родился 5 декабря 1963 года в Бухаре. Детство и юность прошли в столице Узбекистана Ташкенте.
Искандер Махмудов женат второй раз. Со своей первой женой он разошелся еще до переезда в Москву. Однако много времени уделяет сыну от первого брака.