Фауна позвоночных насчитывает 1513 видов, в т.ч. 320 видов млекопитающих, 732 вида птиц, 80 видов пресмыкающихся, 29 видов земноводных, 343 вида пресноводных рыб, 9 видов круглоротых. Кроме того, в морях, омывающих территорию России, встречается около 1500 видов морских рыб. Фауна беспозвоночных насчитывает около 100 тыс. видов. Многие виды являются эндемиками России (Национальная стратегия сохранения биоразнообразия России, 2001).
Общее состояние видового разнообразия России оценивается как благополучное. Сохранились основные фаунистические и флористические комплексы всех ландшафтных зон страны, пресноводных и морских экосистем. Однако надо отметить, что некоторые типы экосистем находятся в катастрофическом положении – на грани исчезновения. Биомы европейских степей и широколиственных лесов практически исчезли и сегодня представлены мелкими фрагментами экосистем на особо охраняемых природных территориях и закрытых военных полигонах. Под угрозой исчезновения оказались эндемики степей: дрофа, стрепет, кречетка, слепыш и многие другие виды позвоночных и беспозвоночных животных.
Климатические условия России отличаются крайней неустойчивостью, что определяет повышенную динамичность экосистем. Резкие межгодовые и многолетние колебания этих условий приводят к сильным изменениям численности популяций и границ ареалов видов. Природно-климатические условия определяют относительно невысокий естественный уровень разнообразия видов в природных экосистемах, сопровождающийся повышенным внутривидовым и внутрипопуляционным разнообразием.