Аппарат начальника полиции безопасности и СД повторял структуру РСХА и был разделен на две группы — немецкую и эстонскую. Немецкие отделы именовались группой А и возглавлялись гауптштурмфюрером СС Корткампом. Эстонские отделы (группа Б) возглавлял до конца 1943 г. майор Мере, затем гауптштурмфюрер СС Эннок Юлиус Юханович.
Обе группы имели одинаковые функции, при этом начальники эстонских отделов подчинялись своим руководителям и параллельно — начальникам немецких отделов. Эстонские отделы вели контрразведывательную работу среди местного населения. Немецкая структура, кроме контроля параллельных эстонских отделов, также вела работу среди населения.
В непосредственном подчинении начальника полиции безопасности и СД находился охранный батальон, состоявший из четырех рот. Командиром батальона был оберштурмбанфюрер СС Баатц и гауптштурмфюрер СС Вайнло.
Местные органы полиции безопасности и СД были представлены тремя внешними отделами и 9 отделениями. Эти структуры также делились на линии А и Б. В конце 1942 — начале 1943 гг. внешние отделы имелись в городах Тарту, Пярну, Киивыли, отделения располагались в городах Пайде, Раквере, Нарве, Выру, Петсери (Печорах), Вильянди, Хаапсалу, Курессаре. До осени 1943 г. отделы полиции безопасности и СД имелись в городах Псков, Луга, Кунда, Локса, Кингисепп, Волосово. Контрразведывательные группы располагались в Луге, Плюссе и Стругах Красных и вели борьбу с партизанами и охраняли промышленные объекты от внедрения и диверсий советской агентуры.
При начальнике полиции безопасности и СД был создан самостоятельный орган «Охрана промышленных предприятий» («Наскодукайтсе»). Формально эта служба входила в структуру созданной при оккупации эстонской самозащиты «Омакайтсе». Кроме них, местные органы полиции безопасности и СД имели на каждом предприятии своих оперативных работников. В их задачу входило насаждение агентурной сети, предотвращение диверсий и саботажа, выявление политически неблагонадежных работников.
Органы полиции безопасности и СД вели борьбу с советскими парашютистами и партизанами в тесном контакте с Абвером. Между этими службами велся обмен ориентировками и арестованными.
Розыскную работу проводила Крипо, широко используя при этом полицию порядка. Розыскные списки рассылались всем органам полиции, референтурам, префектурам и подпрефектурам, начальникам полицейских отделений и адресных столов.
В начале 1942 г. из сотрудников безопасности и СД генерального округа «Эстония» была организована специальная группа для действий в захваченном Ленинграде. Группа состояла из 120–200 человек во главе с майором Мере. В конце 1942 г. группа была расформирована.
Осенью 1944 г. в период отступления немецких войск, создавались разведывательно-диверсионные группы по 8-10 человек из сотрудников полиции безопасности и СД. Группы снабжались автоматическим оружием, гранатами, взрывчаткой и продовольствием.
После оккупации Латвии на ее территорию прибыла оперативная команда 2 под командованием оберштурмбанфюрера СС Штрауха. Отряды команды размешались в Риге и Лиепае. В середине декабря 1941 г. отряды оперкоманды были реорганизованы в территориальные органы полиции безопасности и СД генерального округа «Латвия». Штаб полиции безопасности и СД под руководством штурмбанфюрера Ланге размещался в Риге, в бывшем здании НКВД. До апреля 1942 г. структура находилась в подчинении айнзатцгруппы А, позднее перешла в подчинение командующего полиции безопасности и СД «Остланда».
Местные отделы полиции безопасности и СД располагались в городах Лиепае, Валдемарпилсе и Даугавпилсе. Каждый из отделов имел в ряде населенных пунктов свои посты.
Личный состав органов был укомплектован латышами, бывшими офицерами латвийской армии, членами «Перконкруста» и айзсаргами. Немцами была создана параллельная латышская структура — «Дрошибас полиция», начальником которой был назначен бывший майор латвийской армии Виктор Арайс.
При вступлении советских войск в Латвию часть латышской полиции эвакуировалась в Германию, где впоследствии использовалась рядом немецких спецслужб для ведения подрывной работы в советском тылу.
Базой для формирования органов почиции безопасности и СД в Литве стал личный состав айнзатц-группы А. Начальником новой структуры был назначен К. Егер. В 1943 г. Егера сменил оберфюрер СС Фукс.
Управление полиции безопасности и СД размещалось в Каунасе, а его структура соответствовала структуре РСХА.
Периферийные органы располагались в Шауляе, Паневежисе и в Вильнюсе. В уездных центрах также были созданы отделы и отделения, подчинявшиеся непосредственно начальнику полиции безопасности и СД генерального округа.
Летом 1941 г. была возобновлена работа органов местного самоуправления. Было возрождено Литовское управление безопасности, также полностью подчинявшееся органам полиции безопасности и СД. Некоторые органы литовского управления возглавляли сотрудники СД. Так, начальником вильнюсского отдела литовского управления был назначен унтерштурмфюрер СС Бибель, одновременно занимавший пост начальника реферата 4А 1 отдела управления полиции безопасности и СД генерального округа.
До декабря 1941 г. на территории Белоруссии действовали только оперативные органы полиции безопасности и СД. Первоначально вся Белоруссия была отнесена к зоне деятельности айнзатцгруппы Б.
С конца сентября 1941 г. Минская область была отнесена к ведению айнзатцгруппы А. В Минске и Барановичах дислоцировались подразделения СД под командованием штандартенфюрера СС Егера. В белорусской столице и населенных пунктах восточнее Минска, в Витебске, Бобруйске, Орше, Могилеве, Гомеле вплоть до немецкого отступления вели контрразведыва-тельную деятельность подразделения опергруппы 6. В декабре 1941 г. в связи с созданием рейхскомиссариата «Остланд» и учреждения на его территории гражданского управления и реорганизации органов полиции безопасности и СД в Минск был назначен начальник полиции безопасности и СД оберштурмфюрер СС Штраух. Он подчинялся начальнику айнзатцгруппы А, а с марта 1943 г. — командующему полиции безопасности и СД «Остланд».
Управление полиции безопасности и СД размещалось в Минске, в зданиях университетского городка.
В апреле 1944 г. генеральный округ «Белоруссия» был преобразован в самостоятельную территорию, подведомственную Восточному министерству Рейха. Тогда же начальником полиции безопасности и СД Белоруссии был назначен Эрлингер, непосредственно подчинявшийся Кальтенбруннеру. Штаб Эрлингера был устроен по аналогу с иными подобными структурами, но имел в своем составе отдел «Н» (Разведка), подчинявшийся Берлину. Отдел располагал большим количеством агентуры, используемой для, ликвидации партизанских отрядов, подполья и сбора материалов военного и экономического характера о положении в советском тылу.
Материалы, добытые агентурой, отдел передавал соответствующим рефератам 4-го и 3-го отделов и в оперативный штаб по борьбе с партизанами. В отделе имелась картотека на всех агентов управления. Возглавлял отдел оберштурмфюрер доктор Гойзер, заместителем отдела был унтерштурмфюрер СС Поль.
Начальнику полиции безопасности и СД подчинялись два внешних отдела в Барановичах и Вилейке, имевшие по три периферийных отделения.
Отдел в Барановичах руководил отделениями в Слониме, Новогрудке, м. Ганцевичи, в м. Калдичев и имел свой концлагерь.
Вилейскому отделу подчинялись отделения в Молодечно, Лиде и Глубоком.
В 1943 г. полицией безопасности и СД были созданы 3 белорусских батальона для охраны и конвоирования арестованных и проведения карательных операций. 1-й батальон нес охрану Калдичевского лагеря, 2-й размещался в Вилейке, 3-й — в Минске.
В 1943 г. по распоряжению Гиммлера на территории Белоруссии был создан оперативный штаб по борьбе с партизанским движением. Штабом и приданными формированиями руководил командующий силами полиции безопасности и СД фон Бах-Зелевский. Штаб разрабатывал операции против партизанских сил, облавы и блокирование районов, прочесывание лесных массивов. По роду своей деятельности штаб работал в контакте с рефератом 4А и отделом «Н» управления полиции безопасности и СД.
Летом 1944 г. официальные сотрудники и агентура органа были эвакуированы в г. Катовицы (Польша), где по указанию РСХА из них были скомплектованы оперативные группы по 15–20 человек и направлены в распоряжение территориальных органов Гестапо в Германию, Польшу и Венгрию.
Начальниками органа последовательно были штурмбанфюреры СС Ратцесбергер, Беме и оберштурмбанфюрер СС Катцманн. Штаб-квартира управления находилась в Житомире, отделы располагались в Мозыре, Бердичеве, Коростене и Виннице.
Начальниками органа последовательно были: оберштурмбанфюрер СС Эрлингер, штурмбанфюрер СС Эллерманн, оберштурмфюрер СС Киртинг. Штаб-квартира располагалась в Киеве, на ул. Короленко, д. 33.
Структура управления была выстроена по общему образцу и включала 5 отделов. Особенно активную работу вело киевское Гестапо, возглавляемое оберштурмфюрером СС Вагнером Эрихом.
4-й реферат органа проводил работу по выявлению и уничтожению всех противников оккупационного режима. Сотрудники отдела вели контрразведывательную агентурную работу, проводили следствие по делам и аресты. Как правило, все арестованные рефератом лица расстреливались. Начальник реферата — унтерштурмфюрер СС Геттезель Эмиль.
Реферат 4/2 — вел борьбу с партизанами. Начальник — оберштурмфюрер СС Хайнрихс.
Реферат 4/4 — выявлял агентов советской разведки и контрразведчиков.
Реферат 4/5 — вел уничтожение евреев. Эти два реферата возглавлял оберштурмфюрер СС Виснер. Реферату подчинялась и вела основную практическую работу украинская вспомогательная полиция порядка (OD). Реферат наблюдал за ее деятельностью и вел следствие по особо интересным для него делам.
Реферат 4/Н — осуществлял руководство наиболее опытной агентурой и вел ее внедрение в подполье и партизанские отряды. Начальник — гауптштурмфюрер СС Гуммер.
Начальнику полиции безопасности и СД генерального округа подчинялись внешние отделы в окружных городах: Полтаве, Белой Церкви, Лубнах, Умани и Ивановке.
Полиции безопасности и СД генерального округа был придан 23-й украинский добровольческий полицейский батальон, именовавшийся «Украинская защитная команда». Командиром подразделения был немец гауптштурмфюрер СС Ригичник. Батальон вел
борьбу с партизанами и нес охрану концлагерей. Летом 1943 г. батальон размещался в Ровно, осенью того же года — в Минске.
Управление начальника полиции безопасности и СД, возглавляемое Христиансеном, размещалось в Чернигове, на ул. Шильмана, д. 38а. Периферийные органы располагались в окружных городах — Гомеле, Сумах и Нежине.
В феврале 1943 г. начальнику полиции безопасности и СД генерального округа «Чернигов» была придана зондеркоманда 4а для ведения борьбы с партизанами.
Начальником полиции и СД генерального округа «Харьков» был штурмбанфюрер СС Кранебиттер. Штаб органа располагался в Харькове, на Сумской улице, д. 100.
В 1944 г. в Харькове состоялся судебный процесс над сотрудниками данного органа, повинными в массовом уничтожении людей.
Руководитель полиции безопасности и СД генерального округа «Сталино» Кертинг располагался со своим штабом до декабря 1942 г. в г. Сталино. Данному штабу подчинялись отделения в Ворошиловграде, Артемовске и Мариуполе.
Ворошиловградское отделение состояло из 12 официальных сотрудников. Заместителем начальника отделения был некто Мильх, который контролировал работу местной вспомогательной уголовной полиции.
Осенью 1943 г. в связи с советским наступлением аппарат начальника полиции безопасности и СД генерального округа «Сталино» был расформирован, его личный состав направлен в другие города, Кертинг получил назначение на должность начальника полиции безопасности и СД генерального округа «Киев».
Данный орган возглавлял штурмбанфюрер СС Мюльде. Штаб располагался в Днепропетровске, на ул. Короленко, д. 20, затем на ул. К. Маркса, д. 25 и 27.
Отделения органа находились в городах Запорожье, Кривой Рог и Днепродзержинск. Запорожское отделение возглавлял Руге Карл.
Днепродзержинский отдел возглавлял обершарфюрер СС, бывший чиновник Гестапо из Дюссельдорфа Геллерфорд Вилли.