Новый Кармель, с восстановленным древним и строжайшим Уставом, давно уже был бельмом на глазу у Обутых: жили они целых три века со смягченным Уставом, mitigatus, в почете и покое, как у Христа за пазухой, и вот оказалось вдруг, что живут в смертном грехе, в отступлении от Христа. И хуже всего было то, что обличила их в этом почти никому не известная женщина, может быть, „одержимая бесами“, вторая Магдалина Креста, Тереза Иисуса. „Некогда ходил Кармель под небом Божиим, а теперь пошел под бабьей юбкой, — срам!“ — негодовали Обутые.
Первое гонение на Босоногих началось уже в 1571 году, когда, после основания обители Св. Иосифа в г. Авиле, вдруг испугавшись новизны великого дела Реформы, генеральный викарий обоих Кармелей, Старого и Нового, о. Бурэо, велел Терезе удалиться в прежнюю обитель ее, Благовещения, и прекратить основание новых. Длилось это невольное воздействие больше двух лет, от 1571 до 1574 года, но Тереза вынесла его сравнительно легко, потому что верила, что оно продлится недолго, в чем и не ошиблась: с 1574 года основания возобновились и продолжались беспрепятственно до 1575 года, когда Генеральный Капитул Обутых в городе Пиаченце, в Италии, пользуясь покровительством испанского короля Филиппа II и Св. Престола, задумал, под видом „спасения Реформы“, уничтожить ее до конца.
В 1576 году Капитул Босоногих, собравшись в Альмадоваре, в Испании, в ответ на Пьяченский, постановил отправить полномочных к Папе, в надежде, что распря двух Братств легко будет прекращена Св. Престолом.
Бурей в стакане воды может казаться вся эта постыдная и жалкая свара монахов, но если глубже в нее вглядеться, то она окажется чем-то совсем иным. Новый генеральный викарий обоих Кармелей, о. Джеронимо де Тостадо, послан был в Испанию не для „спасения“, а для уничтожения Реформы — это сразу поняла Тереза. „Вы должны подчиняться о. Тостадо только в том случае, если он не пойдет против Апостолических визитаторов, ваших непосредственных начальников, потому что это было бы для нас совершенною гибелью“, — пишет она отцам Альмадоварского Капитула. Но о. Мальдональдо, правая рука о. Тостадо, считает несомненным, что Босоногие „нарушили святое послушание Церкви“ и, следовательно, должны подчиниться не Апостолическим визитаторам, а генеральному викарию. Как выйти из этого противоречия двух властей? „Может быть, следовало бы нам обратиться к покровительству какого-либо кардинала“, — робко замечает Тереза, но, кажется, чувствует сама, что это вовсе не выход. Хуже всего то, что противоречие углубляется соперничеством светской власти с духовною, потому что христианнейший король Филипп II хочет сам управлять испанскою Церковью, только с помощью папского нунция. И еще хуже то, что Братство самих Босоногих раздирается внутренней распрей, более глубокой, чем внешняя распря их с Обутыми. „Да простит их Бог, — скажет Тереза по поводу Альмадоварского Капитула. — Кажется, они могли бы избегнуть всех затруднений, если бы только пошли другим путем — [не братоубийственной вражды, а любви]. — Наш о. Иоанн Креста этим весьма опечален“. В Альмадоварском Капитуле Иоанн открыто обличает Босоногих в „жажде власти“ и в „церковном вельможестве“: „Язва эта неисцелима… потому что дает им вид совершенства, так что кажется, что и бороться с нею грех“. Язва эта — в самом сердце Нового Кармеля так же точно, как и Старого; это видят оба, Иоанн и Тереза, и, может быть, думают: „Стоила ли свеч игра?“ Как глубоко чувствует язву Тереза, видно по тому, что, боясь, как бы Обутые не отравили возлюбленного сына ее и главного, после Иоанна, вождя Реформы, о. Джироламо Грациано, кормит она его потихоньку и против устава, в женской обители, в Севилье, и даже посылает ему противоядие, умоляя всегда иметь его при себе, а в эти же дни граф Тендилла, человек великой ревности в делах веры и злейший враг Босоногих, грозит заколоть его кинжалом.
В 1577 году долго собиравшаяся буря наконец разразилась. Посланные о. Тостадо монахи, вместе с солдатами, окружив обитель Благовещения в г. Авиле, выломали двери, ворвались в кельи, схватили о. Иоанна Креста и бывшего с ним о. Германа, которые отдались в руки палачей, братьев своих, „как агнцы безгласные“, избили их так жестоко, что у о. Германа кровь пошла горлом, а о. Иоанн страдал от последствий этих истязаний до конца жизни, и отвезли обоих в Толедо, где заточили в тюрьму.