В середине марта 1890 года состоялось избрание Ф. А. Бредихина в ординарные академики с правом проживания в Москве. Спустя неделю на него были возложены обязанности заведующего обсерваторией и на правах директора предоставлена возможность «делать надлежащие представления о новых назначениях и перемены служебного положения лиц, занимающих ученые должности в обсерватории». Академика Бредихина не обязывали жить в Пулкове, предоставив ему возможность посещать Главную обсерваторию «по мере надобности на более или менее продолжительное время». По желанию Бредихина содержание, полагающееся директору, было разрешено употреблять на жалованье сверхштатных астрономов.
Время и ответственность брали свое. Академик Бредихин все чаще приезжал в Петербург, а в октябре 1890 года согласился баллотироваться на должность директора обсерватории. Он единогласно был избран директором и столь же единогласно утвержден в этой должности общим собранием Академии наук 1 декабря 1890 года. Сразу же он переехал в Пулково и занял директорскую квартиру. Для Анны Дмитриевны Бредихиной, урожденной Бологовской, бывшей помещицы Костромской губернии, отказавшейся появляться в Пулкове, была снята скромная квартирка в Петербурге.