Директор обсерватории Ф. А. Бредихин успешно провел научные и кадровые преобразования в Пулкове и стал известен как «притеснитель немцев». Еще не будучи утвержденным в качестве полноправного директора, он уволил незадолго до этого принятых сверхштатных астрономов Ф. Блюмбаха, Б. Банаха и Й. Шретера, правда, посодействовал устройству первых двух на подходящие места в Петербурге. Осенью 1890 года в Пулково на должности сверхштатных были приглашены четверо выпускников по разряду математических наук из Петербургского и Московского университетов – В. В. Серафимов, А. А. Иванов, С. К. Костинский и С. С. Лебедев. На должности старших астрономов позже были представлены А. П. Соколов и Г. О. Струве, а на должность астрофизика – А. А. Белопольский, ставший впоследствии выдающимся ученым. Профессор геодезии Лесного института Соколов хорошо знал астрометрию и с марта 1891 года был вице-директором обсерватории до своего добровольного ухода в отставку в конце 1905 года в чине действительного статского советника. Впоследствии и Г. О. Струве был поднят Бредихиным до должности старшего астронома.
Уже 13 мая 1891 года Константин Константинович с удовлетворением запишет в своем дневнике: «Принимал Бредихина. Он постепенно изгнал из Пулкова неспособных шведов и дерптцев, заменив их дельными русскими. Остался один Герман Струве, обещающий сделаться дельным астрономом и подчиняющийся новым порядкам…»
По инициативе Бредихина были закуплены за границей и современные приборы, в частности фотографический рефрактор (то есть телескоп для фотографирования небесных тел, называемый также астрографом), который и был установлен в Пулкове летом 1893 года. С его помощью Сергей Константинович Костинский приобрел славу «отца русской астрографии». Академику Бредихину на посту директора Пулковской обсерватории удалось наладить регулярную публикацию результатов научных наблюдений и каталогов. Укреплению связей русских ученых с иностранными и изданию их трудов за границей способствовали посещения Бредихиным обсерваторий в Париже, Медоне, Гринвиче, Потсдаме и Берлине, как и успехи пулковских ученых в научной и учебной деятельности. По инициативе Бредихина было создано Русское астрономическое общество, одним из учредителей которого он стал.
Двадцатого октября 1894 года Ф. А. Бредихин подал прошение об отставке, ссылаясь на нездоровье. Он писал: «Все сколько-нибудь значительные мероприятия по обсерватории я предварительно представлял на благоусмотрение Е. И. Высочества Президента, Комитета обсерватории и считал себя счастливым тем, что всегда был милостиво выслушиваемым и неоднократно удостаивался авторитетных указаний и ободрения».
Пост директора Пулковской обсерватории не без его рекомендаций унаследовал Оскар Андреевич Баклунд. Швед неукоснительно следовал всем пунктам программы Бредихина, включая и прежнюю кадровую политику.
Федор Александрович Бредихин умер в мае 1904 года от паралича сердца. Есть свидетельства того, что на его ранимой и возбудимой нервной системе плохо сказалась начавшаяся в январе Русско-японская война.