7-е — выявление и разработка антисоветских организаций учащейся молодежи, системы Наркомпроса, детей репрессированных;
8-е — обслуживание системы Наркомздрава и его учебных заведений;
9-е — обслуживание системы Наркомюста, Верховного суда, Прокуратуры, Наркомсобеса и их учебных заведений;
10-е — борьба с церковно-сектантской контрреволюцией;
11-е — обслуживание системы физкультурных организаций, добровольных обществ, клубов, спортивных издательств;
12-е — обслуживание Осоавиахима, милиции, пожарной охраны, военкоматов, начсостава запаса.
Федотов возглавлял СПО до февраля 1941 г., когда при образовании НКГБ Секретно-политический отдел упраздненного ГУГБ НКВД СССР вошел в состав вновь созданного наркомата в качестве 3-го (секретно-политического) управления. Начальником управления был назначен комиссар ГБ 3 ранга Соломон Рафаилович Мильштейн, ранее возглавлявший Главное транспортное управление НКВД (уже 11 марта 1941 г. его сменил зам. начальника управления Николай Дмитриевич Горлинский).
Будучи хорошим специалистом, Федотов по совместительству с марта 1939 г. был председателем предметно-методической комиссии и лектором Высшей школы НКВД СССР по агентурно-оперативной работе.
В этот период он был награжден орденом «Знак Почета» (апрель 1940 г. вместе с группой чекистов «за выполнение заданий правительства по охране госбезопасности») и медалью «XX лет РККА» (1938 — первой из 6 медалей, полученных им за службу).
26 сентября 1940 г., оставаясь начальником 2-го отдела, комиссар ГБ 3 ранга (с марта 1940 г.) Федотов возглавил контрразведку — 3-й отдел ГУГБ НКВД СССР. С этого началось объединение контрразведки общей и секретно-политической, которое затем проводилось еще раз в 1943 году.
Федотов после реорганизации с 25 февраля 1941 г. становится начальником 2-го Управления НКГБ СССР (КРУ), одновременно, с апреля того же года, входит в Центральную наградную комиссию НКГБ СССР.
Его заместителями были назначены Т.Н. Корниенко, Л.И. Новобратский, Л.Е. Влодзимирский, Н.Д. Горлинский, Т.М. Борщев. После объединения НКГБ и НКВД 31 июля 1941 г. контрразведка стала именоваться 2-м управлением НКВД. Начальником контрразведки в течение всей войны был П.В. Федотов, его первым заместителем — Леонид Федорович Райхман (в июле 1945 г. обоим было присвоено воинское звание «генерал-лейтенант»), В случае падения столицы Федотов должен был остаться на нелегальном положении в Москве и координировать работу всех 36 диверсионно-разведывательных групп, организованных чекистами для подпольной работы против фашистов. Эти группы насчитывали 243 человека, из них 78 — готовили для выполнения актов индивидуального террора и 32 — для диверсий.
Представление о задачах советской контрразведки во время войны дает структура 2-го управления НКВД СССР (май 1942 г., 227 сотрудников по штату):
руководство (начальник и его заместители);
секретариат;
оперативно-учетная группа.
1-й отдел (начальник П.П. Тимофеев) :
1-е отделение (очистка освобождаемых от немецко-фашистских захватчиков городов и районов от нацистской агентуры и организация собственной агентурной работы в этих районах), начальник М.В. Подольский (33);
2-е отделение (учет и разработка нацистских разведорганов и осуществление контрразведывательных комбинаций);
3-е отделение (выявление, разработка и ликвидация агентуры разведорганов противника в г. Москве);
4-е отделение (агентурно-оперативная работа в лагерях военнопленных и интернированных; наблюдение за разработками местных органов НКВД);
5-е отделение (учет и оперативный розыск агентуры противника, предателей и пособников немецко-фашистских оккупантов);
6-е отделение (следственное);
2-й отдел:
1-е отделение (японская линия);
2-е отделение (китайская и монгольская линии);
3-е отделение (следственное);
3-й отдел:
1-е отделение (английское);
2-е отделение (американское);
3-е отделение (Турция, Иран, Афганистан);
следственная группа;
4-й отдел:
1-е отделение (польское, чешское, югославское, греческое, шведское и норвежское посольства и миссии, колонии, военные миссии и атташат);
2-е отделение (организация работы по линии польских нелегальных организаций в генерал-губернаторстве, польская ссылка и лагеря, польские колонии);
3-е отделение (следственное);
4-е отделение (представительство свободной Франции и испанская эмиграция);
5-е отделение (работа по закордону);
5-й отдел (специальные мероприятия);
1-е отделение;
2-е отделение;
Группа наружного наблюдения и установки;
Группа по обслуживанию ИККИ;
6-й отдел (охрана дипломатического корпуса):
1-е отделение (охрана дипломатических представительств — Англии, США, Японии и Швеции);
2-е отделение (охрана дипломатических представительств — Болгарии, Турции, Ирана, Афганистана, Китая, Югославии, Польши, Чехословакии, полпредств Монголии и Тувы; эпизодическая охрана иностранных правительственных делегаций и наружное наблюдение за посетителями иностранных посольств);
3-е отделение (наружное наблюдение за сотрудниками посольств Англии, Америки, Швеции, Польши и Чехословакии);
4-е отделение (наружное наблюдение за сотрудниками посольств Японии, Турции, Ирана, Китая, Югославии, Монголии, Тувы);
5-е отделение (хозяйственно-финансовое; автоколонна);