Подходил 1918 год, дом Вернадского на Псёле был растащен по брёвнышку, он с женой поселился в Полтаве в доме тестя, на Украине политическое положение было неустойчивым и Вернадский писал: «Положение в Полтаве неопределённое, идёт глухая борьба между украинцами и большевиками. Одно время победили украинцы, но не смогли удержать порядка». У него ещё была надежда, что большевики долго в Петрограде не продержатся.
Вернадский также, говоря о революции, отмечал: «Огромную роль сыграли инородцы и не случайно. На полном маразматическом субстрате выдвинулись евреи - чуждые и враждебные всей старой России».
На Украину пришли немцы, но Вернадский и в этих условиях организует с сотрудниками Полтавского естественноисторического музея две геологические экскурсии, выступает на образованном им Обществе любителей природы с докладом на тему «живое вещество».
Геологи образуют в Киеве Геологический комитет, подобный российскому, Украинское горно-геологическое общество, Гидрогеологический отдел Министерства земледелия. «Все эти организации находятся в руках русских, и вообще русская культура и её широчайший рост - единственное спасение», - пишет в это время Вернадский (подчёркнуто мой - В.Б.).
После смены власти и прихода к ней гетмана Скоропадского, возник вопрос об организации Украинской Академии наук, что и было предложено сделать Вернадскому, который при этом исходил из следующих соображений: «Лучше всего взять за образец Российскую Академию, приблизить её к запросам жизни. Академия лучше должна способствовать быстрому развитию производительных сил, материальной и духовной культуры украинского народа». При этом Вернадский поставил условие: он не будет принимать украинское гражданство.
Об этом периоде жизни Вернадского в книге «Сто великих учёных» говорится: «Бурные события гражданской войны застали его в Киеве. Здесь он активно участвует в создании Украинской Академии Наук и избирается её президентом... Создание Украинской Академии Наук стало ярким проявлением организационного таланта Вернадского... Со времён Ломоносова никто так много не сделал для организации отечественной науки» (подчёркнуто мной - В.Б.).
В связи с последним интересное замечание. В сборнике «Сто великих россиян» Константина Рыжова к таковым отнесены: Михаил Ломоносов, Николай Лобачевский, Дмитрий Менделеев, Иван Павлов, Лев Ландау. Владимира Вернадского среди них нет!
Академия Наук открылась в 1919 году; Вернадский организовал также в Киеве научную библиотеку, работал над преобразованием Киевского университета в государственный, способствовал открытию университета в Екатеринославе и других учебных институтов. Академия состояла из 26 членов, имела 15 комиссий и комитетов по различным областям знаний, зоологического кабинета, библиотеки, трёх институтов. Всего в ней числилось 140 сотрудников.
Библиотека формировалась как научная и общедоступная, она и по сей день расположена в помещении Первой Киевской гимназии и носит имя Вернадского.
Г.Аксёнов отмечает: «Все созданные им учреждения действуют до сих пор, подтверждая таинственное свойство культуры и цивилизации распространяться, не теряя напряжения и силы, и противостоять силам варварства и разрушения».
Но научно-организационной работы Вернадскому мало, он начинает эксперименты по живому веществу, один из которых даёт чрезвычайно важный результат, но с приходом к власти большевиков ему, «бывшему министру и богатому помещику» оставаться в Киеве стало опасно, и он отправляется на биологическую станцию в Староселье.
В Киев приходит Добровольческая армия Деникина, с которым Вернадский ведёт переговоры о поддержке Академии, но вскоре к городу приближаются большевики, и Вернадский уезжает на юг — в Ростов, затем в Крым. В Ялте его встретили жена и дочь.