К весне 1920 года начались занятия в Симферопольском Таврическом университете, где вместе с Вернадским работали физики Иоффе и Тамм, геолог Обручев и ряд других известных впоследствии учёных. Здесь он организует уже четвёртый в своей жизни минералогический кабинет, при нём начал работать крымский вариант КЕПС.
КЕПС в обстановке общей разрухи начала энергично работать, наметила пути разведки полезных ископаемых, энергетических ресурсов, воды, нашли способ делать бумагу из местного тростника.
Через год, выступая перед учёными в Петрограде с отчётом о научной работе в Крыму, Вернадский говорил: «И как бы далее ни сложилась жизнь, ясно, что научная работа пойдёт и дальше по этому же пути, ибо мы видим, что научная работа всё время идёт без всякой связи с меняющимися и непрочными темпами политической жизни. Она является здоровым жизненным проявлением, имеющим корни в глубине духовной жизни страны, которые переживут всякие внешние обстоятельства» (выделено мной - В.Б.).
Вернадский получает приглашение уехать на работу в Англию и записывает в дневнике: «Невольно думаю о Лондоне, как-то хочется иметь в руках то мощное оружие. Какое даёт библиотека и лаборатория. Сейчас я трачу по крайней мере в 10 раз больше усилий для получения эффекта, чем в нормальных условиях. Буду читать журналы, как с Северного полюса... Ужас берёт, когда оцениваешь культурный урон...»
Вернадский ждёт отплытия корабля, получив от Струве чек на 100 фунтов стерлингов, необходимых для начала английской жизни.
Но в это время умирает ректор Таврического университета, и к Вернадскому идут делегации от сотрудников университета, его просят занять эту должность, должность ректора университета, в котором учится 1800 студентов, а барон Врангель после личной встречи с Вернадским обещает университету поддержку правительства. Правда, встреча эта состоялась случайно: по ошибке, вместо сына В.И.Вернадского Георгия, которому намеревались предложить должность в правительстве, к барону Врангелю попал его отец.
Вернадский после этого выступил перед студентами, собравшимися во дворе университета, где говорил о роли науки и культуры в восстановлении нормальной жизни, для чего необходимо не только учиться, но и развивать самодеятельность и свободную научную мысль.
Но в ноябре 1920 года началось крушение белого движения, эмигрировал Георгий Вернадский, служивший в правительстве Врангеля, он вместе с женой отплыл на корабле «Рион» в Константинополь.
Но на Владимире Ивановиче Вернадском лежала ответственность за университет, за профессоров и преподавателей в условиях смены власти.
Вернадский теперь общается по делам с представителями новой власти — это Бела Кун, Гавен, Лиде. После прихода большевиков в университете была роздана анкета, где первым вопросом был: «Ваше отношение к террору вообще и к красному террору в частности?» (Г.Аксёнов).
16 профессоров из 18 честно, но «неправильно» ответили на вопросы анкеты и были уволены, а ректор подал в отставку. Для управления университетом была создана временная «тройка» во главе с Френкелем и комиссия по реорганизации во главе с Паперным.
В этот напряжённый момент Академия предпринимает шаги, чтобы вывезти своих членов из Крыма, и Вернадский с другими профессорами и их семьями в «профессорском вагоне» был отправлен в Москву по охранной грамоте бывшего своего ученика, ныне наркома, Семашко.
Вернадский опять вовремя уехал от разгула евреев-большевиков: приехавший из Центра Пятаков развернул террор в отношении всех тех, кто сотрудничал с правительством Юга России.