Основным аргументом в пользу спонтанных генераций был вопрос классификации; то есть, возможно было либо поместить живое отдельно от неживого, либо оформить классификацию как серию градаций. XVII и XVIII вв. стали свидетелями классификации различных форм, существующих в жизни, и на грани их высветились противоречия еще более сложные, нежели по спонтанным генерациям; противоречия, пик которых пришелся на XIX в.
Для начала формы жизни могут быть разделены на отдельные виды; но сложность состоит в определении термина «вид». В общем, и целом вид — это группа особей, свободно скрещивающихся между собою, которые могут приносить здоровое потомство, в свою очередь способное скрещиваться. Таким образом, все человечество, сколь бы ни были велики различия между отдельными группами, способно свободно скрещиваться и производить относительно здоровые поколения. С другой стороны, слон индийский и слон африканский, сколь бы схожими они ни были, — это отдельные виды, поскольку самец одной группы не может быть скрещен с самкой другой группы.
Аристотель когда-то перечислил пятьсот видов животных, а Теофраст — столько же видов растений. С тех пор в течение двух тысяч лет было открыто бесчисленное множество видов. К 1700 г. были описаны десятки тысяч видов.
Но сколь много ни было бы открыто видов, всегда существовало искушение сгруппировать их в подобные.
Первым сделал попытку в данном направлении английский натуралист Джон Рэй (1628-1705).
В период 1686—1704 гг. он опубликовал трехтомную энциклопедию жизни растений, в которой описал 18 600 видов. В 1693 г. подготовил энциклопедию жизни животных, в которой, однако, было рассмотрено уже меньше видов, но предпринята попытка группировки видов — на основе общности копыт (пальцев) конечностей и зубов.
К примеру, он разделил млекопитающих на две большие группы: с пальцами на конечностях и с копытами. Копытных он подразделил на непарнокопытных (лошадей), парнокопытных (крупный рогатый скот) и трехчленнокопытных (носороги). Парнокопытные, в свою очередь, подразделялись на: жвачных, имеющих постоянные рога (козы); жвачных, с периодически сбрасываемыми рогами (олени); нежвачных (свиньи).
Система классификации Рэя не прижилась, но была взята на вооружение шведским натуралистом Карлом фон Линнеем (1707— 1778), Известным иод латинизированным именем Каролус Линиеус. К тому времени число известных видов живых организмов достигло 70 тысяч; в 1732 г. Линней, пропутешествовав 4600 миль по Северной Скандинавии, обнаружил в этом не самом плодородном регионе 100 новых видов.
В колледже Линней исследовал органы размножения растений, отметил, чем они отличаются от вида к виду, и попытался основать свою систему классификации. В 1735 г. он опубликовал «Систему природы», в которой описывал систему классификации видов — прямую предшественницу системы, принятой сегодня.
Таким образом, была основана наука таксономия, изучение классификации видов живых существ.
Линней систематически сгруппировал подобные виды в роды (от латинского «раса»), порядки, классы. Все известные виды животных были сгруппированы в шесть классов: млекопитающие, птицы, рептилии, рыбы, насекомые и червеобразные. Эти подразделения не столь хороши, как у Аристотеля, но недостатки их легко восполнимы.
Каждому виду, по Линнею, давалось двойное латинское имя; оно состоит: 1) из рода, к которому вид принадлежит; 2) из собственного имени. С тех пор такая биномиальная номенклатура закрепилась; она дала в руки биологам международный язык, предотвращающий недоразумения. Вид человека, живущий ныне на Земле, Линней назвал именем, закрепившимся с тех пор, — Homo sapiens.