Без сомнения, «Происхождение видов» стала наиболее важной книгой в истории биологии. Множество ветвей науки вдруг стали вновь актуальными и исполненными значения с точки зрения эволюции путем естественного отбора. Концепция сделала рациональными все собранные данные по таксономии, эмбриологии, сравнительной анатомии, палеонтологии. Биология в целом стала не просто собранием фактов; она стала организованной наукой, базирующейся на широкой и очень полезной теории.
Однако приняли труд и концепцию Дарвина не все, и не все принявшие — сразу. Особенно много обвинений посыпалось со стороны почитателей буквы и слова Библии - было невозможно принять сразу, что мир и человечество созданы не Богом. Даже среди людей нерелигиозных появилось немало противников предположения, что все сущее — результат слепого и неодухотворенного случая.
Английский зоолог Ричард Оуэн (1804 — 1892), лидер оппозиции, был одновременно последователем Кювье в его науке восстановления вымерших животных по ископаемым останкам. Он сопротивлялся не просто концепции эволюции, но мысли, что избранные живут на планете по воле случая. Он считал, что должна быть какая-то внутренняя воля Природы.
Обычно Дарвин сам не отстаивал своих теорий. Однако английский биолог Томас Генри Гексли (1825— 1895) взял на себя роль его защитника. Гексли, кроме того, что был блестящим популяризатором науки, наводил ужас на противников своим талантом оратора. Он сам себя именовал «дарвиновским бульдогом».
Поначалу дарвинизм не был принят во Франции, однако Германия в целом восприняла идеи ученого. Немецкий натуралист Эрнст Генрих Геккель (1834-1919) был сторонником Дарвина. Он увидел в развивающемся эмбрионе виртуальную сжатую модель эволюции. К примеру, млекопитающие начинают Жизнь в виде единственной клетки, как и простейшие, затем развиваются в двуслойные организмы, подобные медузе, затем уже — в трехслойные, как какой-нибудь примитивный червь. В ходе последующего развития эмбрион млекопитающего вырабатывает, а затем теряет хорду, потом приобретает и теряет структуры, характерные для рыб. С этой точки зрения Геккель имел оппонента в лице эмбриолога Байера, который пришел к тем же выводам, но не принял дарвинизма. Современные биологи также не принимают выводы и концепцию Геккеля как единственно верную картину хода эволюции.
Американский ботаник Аса Грей (1810 — 1888) стал наиболее активным защитником дарвинизма в Америке. Религиозный проповедник, он не мог быть обвинен в атеизме, тем самым его аргументация приобретала дополнительную силу. Его оппонентом в Америке стал натуралист Жан-Луи Родольф Агассис. Агассис заслужил научную репутацию изучением ископаемых рыб, но больше всего популярности ему принесла концепция прохождения в давно минувшие времена ледников в регионах, где никто из современников их увидеть не мог. Агассис не принял дарвинизма в своем пиетете перед Природой.