Джейн Ди умерла в марте 1605 г.; она пережила своих сыновей Майкла (ум. 1594) и Теодора (ум. 1601). Дневник Джона Ди обрывается в апреле 1601 г., незадолго до смерти младшего сына; из более поздних записей сохранились только обрывочные заметки и беседы с ангелами. После смерти жены главной и едва ли не единственной поддержкой Ди была его незамужняя дочь Катерина.